这个游戏可以说是一个全新的游戏，不过核心元素“崩坏”的设定还是没有变。但是在人物设定和玩法上还是有些变化。崩坏3第二部新主线剧情讲什么，这次的游戏故事名叫【百年孤影】,在剧情中将会为玩家们讲述一个怎么样的故事内容，同时在玩法上还会给玩家们带来什么样的惊喜。

这次故事的主角自然是玩家本人，可以自定义名字，不过身份设定的是一位夏市的学生，在结束了当天咖啡馆的打工后回到了自己的公寓。工作了一天后想要进行休息了，但是在睡梦中【你】被一股神秘的力量拖入到了一个神秘的星舰内部空间。

通过星舰的操作台看到了神秘的洛星，同时有个声音说着你在梦中可以看到时间的尽头，这颗星球是洛星，一个已经死亡的世界。这颗星球其实就是我们眼中的【火星】，但是上面的生物早已不复存在。在机缘巧合下玩家唤醒了【希娜狄雅】，她告诉【你】现在的夏市只有洛星的一个残影，她希望借助女主角的力量拯救洛星和所有人。希娜狄雅将“星之环”交给女主角，标志着【百年孤影】的故事正式开始。

主角醒来后发现自己来到了数据之海，被科拉丽和赫丽娅（主角团角色）从封印中救出。他们一起行动，决定先探索数据之海。在探索过程中，他们发现一只黑色雪纳瑞召唤怪物攻击他们。经过追踪，希娜狄雅抓住了它，但为时已晚，所有人都被吸进黑洞，传送到了一个新空间。

在这个空间中会出现很多神秘的生物，只有战胜了这些之后剧情才能继续推动。在剧情的推动中游戏的各个玩法也将会陆续推出以及角色升级、装备系统等多个系统玩法的讲解。在剧情的结局迎来的并不是结局，而是更多谜团的揭露，同时这次的冒险旅程其实也只是多个变数中的其中一个变数梦境。在最后【你】有又回到了现实世界，但是看似现实世界其实还是隐藏着未知谜团，这可能是下个版本的铺垫。

上述就是崩坏3第二部新主线剧情讲什么的内容分析，这次的这个故事起源一个梦境结束的时候也会告知这只是其中一个梦境。在故事初期【你】与【希娜狄雅】签订了契约将能无限穿越时空，在剧情的结尾可能也预示了下个时空的内容。